Premia ekologiczna wypłacana jest przez BGK do banku kredytującego na spłatę części kapitału kredytu – może nastąpić pośrednio (w trakcie realizacji) oraz końcowo, zgodnie z harmonogramem i umową. W trakcie trwania projektu przedsiębiorstwo korzysta z kredytu inwestycyjnego w banku komercyjnym, który może wypłacać środki transzami zgodnie z harmonogramem.